在实践中，由于生态保护补偿的范围偏小、标准偏低，为生态保护者和生态受益者共同接受的良性互动体制机制尚未全面系统建立。为了解决现实中遇到的补偿重点不突出、改革措施不协同、补偿方式单一、补偿资金未形成合力等难点问题，有必要进一步深化生态保护补偿制度改革。因此，从改革的历史维度上观察，《意见》在以往的改革基础上进行了创新和发展，也为接下来的工作指明了方向、提供了遵循。
一是根据实践深化不断发展改革原则。深化生态保护补偿制度改革，应在继续体现政府主导、社会参与及清晰界定各方权利义务外，还需特别强调系统推进、政策协同及强化激励、硬化约束，体现改革措施的有效性。主要原因有二：一是生态保护补偿制度在推进中与山水林田湖草沙系统保护机制、环境污染防治评价考核机制、生态保护评价考核机制、碳达峰碳中和评价考核机制、产业转型升级评价考核机制等改革措施的政策协同性不强，难以发挥应有的作用。二是激励和约束性不强，如在实践中，横向的区域平等协商补偿和基于市场交易的市场补偿在实际中应用不足，社会有序参与、市场有效调节的生态保护补偿体制机制还没有完全形成;跨区域的生态保护奖惩力度也不够，难以获得补偿方和受补偿方的共同认可;区域生态环境保护损害关系复杂，导致责任追究难，评价和考核的约束力不够。因此，推动生态保护补偿机制由理论走向实践，破解目前生态保护补偿工作遇到的一些难题，必须在改革原则上作出相应改变。
二是立足贯彻新发展理念、构建新发展格局完善改革目的。补偿的直接目的是开展全面、充分的补偿，调动各方开展生态保护和绿色发展的积极性，但从根本上看，就是贯彻绿水青山就是金山银山等新发展理念，构建生态保护者和受益者良性互动的新发展格局，促进经济社会发展全面绿色转型。也就是说，生态保护补偿机制的深化改革是为了生产生活和生态空间布局更加科学、产业结构更加合理、产业链条更加协作、区域利益关系更加和谐、区域生态环境保护更加协调、区域发展机会更加公平，既提升国家和区域的整体生态环境质量，也提高国家和区域的产业竞争力。为此，鼓励地方加快重点流域跨省上下游横向生态保护补偿机制建设，开展跨区域联防联治;推动建立长江、黄河全流域横向生态保护补偿机制，支持沿线省级区域在干流及重要支流自主建立省际和省内横向生态保护补偿机制;通过对口协作、产业转移、人才培训、共建园区、购买生态产品和服务等方式，促进受益地区与生态保护地区良性互动。
三是在改革手段上体现系统性和集成创新性。生态保护补偿是基于生态系统保护的补偿，涉及多种生态环境要素，涉及多类生态保护区域，涉及纵向和横向补偿方式，涉及政府调控和市场调节机制，涉及经济、产业、培训、就业等补偿措施，因此手段和方法既应体现系统性，也应体现一定的集成创新性。为此，在加强水生生物资源养护补偿、开展水流生态保护补偿、健全公益林补偿标准动态调整机制、完善天然林保护制度、完善湿地生态保护补偿机制、完善以绿色生态为导向的农业生态治理补贴制度、完善耕地保护补偿机制、落实好草原生态保护补奖政策、健全沙化土地生态保护补偿制度、研究建立近海生态保护补偿制度等分类补偿制度的基础上，完善生态文明领域统筹协调机制，加快健全有效市场和有为政府更好结合、分类补偿与综合补偿统筹兼顾、纵向补偿与横向补偿协调推进、强化激励与硬化约束协同发力的生态保护补偿制度，并逐步探索统筹保护模式，即结合生态空间中并存的多元生态环境要素系统谋划，推进不同渠道生态保护补偿资金统筹使用，以灵活有效的方式一体化推进生态保护补偿工作，提高生态保护整体效益。此外，还需将污染防治、生态修复与经济社会发展统筹起来，鼓励地方将环境污染防治、生态系统保护修复等工程与生态产业发展有机融合，完善居民参与方式，建立持续性惠益分享机制，增强改革的可持续性。
四是优化补偿方式和手段，提升补偿工作的综合绩效。生态补偿既要扩大覆盖面，但也需起到“四两拨千斤”的积极性调动功能，因此必须克服传统撒胡椒面式的资金拨付方式，围绕国家生态安全重点健全综合补偿制度。为此，应依据《意见》做好4个方面的改革优化措施。一是逐步增加重点生态功能区转移支付规模，继续对生态脆弱脱贫地区给予生态保护补偿，保持对原深度贫困地区支持力度不减。二是突出生态功能重要地区的纵向补偿重点，如对青藏高原、南水北调水源地等生态功能重要性突出地区加大支持力度;建立健全以国家公园为主体的自然保护地体系生态保护补偿机制，根据自然保护地规模和管护成效加大保护补偿力度。三是改进纵向补偿办法，在重点生态功能区转移支付中实施差异化补偿;探索建立补偿资金与破坏生态环境相关产业逆向关联机制。四是健全横向补偿机制，在一些大江大河推动建立全流域横向生态保护补偿机制;补偿方式除了“授人以鱼”式的资金补助或补偿外，还应因地制宜倡导“授人以渔”式的对口协作、产业转移、人才培训、共建园区、购买生态产品和服务等新型生态补偿方式，鼓励并促进受益地区与生态保护地区可持续的生态与经济良性互动。
